De fil en aiguille, les missions semblant presque anodines, pour des étudiants de l'Institut Xavier, conduisent tout droit à des complots et projets peu orthodoxes, auxquels il va malheureusement falloir mettre un coup d'arrêt définitif. Ainsi, LeX et JustiX font alliance pour mener la bataille sur deux fronts : en pénétrant l'enfer de la Colonie Pénitentiaire de Babylone et en infiltrant l'inquiétant cabinet Lange & Manners pour retrouver le testament de Robert Bateson. Deux missions risquées. Deux missions qui auront une influence sur la situation mondiale. X-Rays et LateX se rendent à nouveau dans l'Oregon, violant une quarantaine dissimulant des activités secrètes gouvernementales visant à rien de moins que le contrôle ou la destruction des mutants. Tandis que les Nexus remontent jusqu'à Athènes, et un sombre trafic de mutants, la piste du saboteur de monorail, les Kozax et les Oryx mènent une expédition aux confins de la Tunisie pour retrouver Spine, leur professeur, enlevée à Génosha.